Main Article Content

Abstract

Saat ini informasi dasar mengenai silsilah, keragaman dan hubungan evolusi kekerabatan menggunakan marka molekuler pada kelapa di Indonesia masih kurang. Hal ini dibuktikan dengan belum banyak dilaporkan urutan sekuens genom kelapa Indonesia yang dapat dijadikan dasar dalam pembuatan marka molekuler tersebut. Salah satu genom tanaman yang dapat dimanfaatkan sebagai penanda adalah sekuens genom kloroplas (cpDNA). Genom kloroplas merupakan penanda yang efisien untuk mempelajari evolusi dan sejarah populasi tanaman melalui filogenetik karena bersifat sangat konservatif, diwariskan secara maternal, memiliki ukuran yang lebih kecil dibandingkan dengan genom inti. Tujuan dari penelitian ini adalah pengembangan primer berdasarkan genom kloroplas berbasis situ SNP dan indels. Berdasarkan sembilan sekuens genom kloroplas pada tanaman palma, telah berhasil didisain 10 primer berdasarkan situs SNP dan 5 primer berdasarkan situs insersi delesi. Hasil validasi primer tersebut menggunakan DNA kelapa Indonesia didapatkan hasil bahwa 10 primer SNP berhasil teramplifikasi sedangkan indels hanya 2 primer berbasis PCR.

Keywords

dalam genjah SNAP primer

Article Details

How to Cite
Balladona, F. K., Maskromo, I., Sukma, D., & Sudarsono, S. (2020). PENGEMBANGAN PENANDA MOLEKULER BERDASARKAN SITUS SNP DAN INDEL GENOM KLOROPLAS KELAPA. URNAL GRONIDA, 6(1), 1–13. https://doi.org/10.30997/jag.v6i1.2548

References

    Batugal P, Rao VR, Oliver J, editors. 2005. Coconut Genetic Resources. Serdang (MY). International Plant Genetic Resources Institute – Regional Office for Asia, the Pacific and Oceania (IPGRI-APO).

    Bru D, Martin-Laurent F, Philippot L. 2008. Quantification of the detrimental effect of a single primer-template mismatch by real-time PCR using the 16s rRNA gene as an example. App Env Microbiol. 74(5):1660-1663.

    Das S, Upadhyaya HD, Srivastava R, Bajaj D, Gowda CLL, Sharma S, Singh S, Tyagi AK, Parida SK. 2015. Genome-wide insertion–deletion (InDel) marker discovery and genotyping for genomics-assisted breeding applications in chickpea. DNA Research. 22:377-386.

    Dauby G, J Duminil, M Heuertz, O. J. Hardy. 2010. Chloroplast DNA Polymorphism and Phylogeography of a Central African Tree Species Widespread in Mature Rainforests: Greenwayodendron suaveolens (Annonaceae). J Tropical Plant Biol. 3:4–13.

    Ganal MW, Altmann T, Roder MS. 2009. SNP identification in crop plant. Curr Opin Plant Biol. 12: 211-217.

    Gunn BF 2016. Phylogenomics of Coconut (Cocos nucifera). [Disertasi]. Canberra (AU): The Australian National University.
    Haristianita MD. 2017 Gen Terkait Warna Bunga: Pemanfaatannya untuk Pengembangan Marka Molekuler dan Analisis Genetik Warna Bunga Phalaenopsis. [Disertasi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.

    Huang LS, Sun YQ, Jin Y, Gao Q, Hu XG, Gao FL, Yang XL, Zhu JJ, El-Kassaby Y, Mao JF. 2018. Development of high transferability cpSSR markers for individual identification and genetic investigation in Cupressaceae species. Ecol and Evol. 8: 4967–4977.

    Huang Y, Matzke AJM, Matzke M. 2013. Complete sequence and comparative analysis of the chloroplast genome of coconut palm (Cocos nucifera). Plos One 8(8)

    Hu J, Gui S, Zhu Z, Wang X, Ke W, Ding Y. 2015. Genome- wide identification of SSR and SNP markers based on whole-genome resequencing of a Thailand wild sacred lotus (Nelumbo nucifera). Plos One. 1-17.

    Jia SW, Zhang ML, Raab-Straube EV, Thulin M. 2016. Evolutionary history of Gymnocarpos (Caryophyllaceae) in the arid regions from North Africa to Central Asia. The Linnean Society of London, Biological Journal of the Linnean Society.

    Larekeng SH, Maskromo I, Purwito A, Mattjik NA, Sudarsono. 2015. Pollen dispersal and pollination patterns studies in Pati kopyor coconut using molecular markers. Intl J Coconut Res Dev. 31(1): 46-60.

    Loiola CM. Azevedo AON, Diniz LEC, Aragão WM, Azevedo CDO, Santos PHAD, Ramos HCC, Pereira MG, Ramos SRR. 2016. Genetic relationships among tall coconut palm (Cocos nucifera L.) accessions of the international coconut genebank for Latin America and the Caribbean (ICG-LAC), evaluated using microsatellite markers (SSRs). Plos One. 11(3):1-11.

    Novarianto H. 2010. Karakteristik bunga dan buah hasil persilangan kelapa hibrida genjah x genjah. Buletin Palma. 39:100-110.

    Park J, Park BY, Kim HS, Lee JE, Suh I, Nam CM, Beaty TH. 2007. MSX1 Polymorphism Associated with Risk of Oral Cleft in Korea: Evidence from Case-Parent Trio and Case-Control Studies. J Yonsei Med, 48(1):101.

    Peterson GW, Dong Y, Horbach C, Fu YB. 2014. Genotyping-by-sequencing for plant genetic diversity analysis: a lab guide for SNP genotyping. Diversity. 2014(6):665-680.

    Pesik A. 2016. Keragaman Genetik Plasma Nutfah Kelapa Indonesia dan Penentuan Identitas Kelapa Hibrida Berdasarkan Marka Molekuler. [Disertasi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.

    Rafalski A. 2012. Application of single nucleotide polymorphism in crop genetics. Curr Opin Plant Biol. 5:94-100.

    Ren J, Sun D, Chen L, You FM, Wang J, Nevo E, Sun D, Luo MC, Peng J, Peng Y. 2013. Genetic diversity revealed by single nucleotide polymorphism markers in a worldwide germplasm collection of durum wheat. Intl J Mol Sci. 14: 7061-7088.

    Sutanto A, Hermanto C, Sukma D, Sudarsono. 2013. Development of SNAP marker based on resistance gene analogue genomic sequences in banana (Musa spp.) [In Indonesia]. J Horti. 23(4):300-309.

    Sint D, Raso L, Traugott M. 2012. Advances in multiplex PCR: balancing primer efficiencies and improving detection success. Methods Ecol Evol. 2012(3):898-905.

    Tinche. 2014. Keragaman Genetik Kelapa Sawit Asal Nigeria dan Asosiasi Marka Mikrosatelit (SSR) dengan Karakter Virescens. [Disertasi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.

    Yang M, Zhang X, Liu G, Yin Y, Chen K, et al. (2010) The complete chloroplast genome sequence of date palm (Phoenix dactylifera L.). PloS ONE 5: e12762.