METODE EKSTRAKSI DNA UNTUK DETEKSI MOLEKULER
DOI:
https://doi.org/10.30997/jp.v8i2.1056Keywords:
phenol, chloroform, Surefood kit, LAMP.Abstract
Dalam teknik deteksi molekuler seperti Loop-Amplification Mediated Polymorphism (LAMP) dan Polymerase Chain Reaction (PCR), pembuatan hulu asam deoksiribonukleat (DNA) sangat penting. Ekstraksi fase cair dan ekstraksi fasa padat merupakan beberapa metode ekstraksi DNA yang tersedia. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkarakterisasi metode dan produk ekstraksi DNA berdasarkan kemurnian DNA, visualisasi DNA, konsentrasi DNA, dan waktu pemrosesan metode ekstraksi DNA. Metode ekstraksi yang dievaluasi meliputi metode fenol-kloroform (Metode A) sebagai ekstraksi fasa cair dan metode Ekstraksi Surefood kit (Metode B) sebagai ekstraksi fasa padat. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Metode A dapat dilakukan pada sampel dengan konsentrasi DNA sangat rendah berkisar antara 7,00 sampai 9,45 ng / μl dengan kemurnian yang baik (1,80-2,10). Meski tidak menunjukkan DNA isolat band pada gel agarosa 1% dan membutuhkan waktu pemrosesan ± 30 jam. Metode B memiliki performa yang baik dalam mengekstraksi sampel dengan DNA dengan konsentrasi tinggi (49,67 sampai 357,28 ng / μl) dengan kemurnian yang baik (1,93 sampai 2,07). Metode ini menunjukkan band untuk setiap sampel DNA pada gel agarose 1% dan membutuhkan waktu ±1 jam. Kedua metode tersebut dapat digunakan untuk preparasi sampel dalam analisis molekuler termasuk tujuan otentikasi halal.
KATA KUNCI: fenol, kloroform, Surefood kit, LAMP
DNA EXTRACTION METHOD FOR MOLECULAR DETECTION
ABSTRACT
In molecular detection technique such as Loop-Amplification Mediated Polymorphism (LAMP) and Polymerase Chain Reaction (PCR), right upstream preparation of deoxyribonucleic acid (DNA) is very important. Liquid phase extraction and solid phase extraction are some of DNA extraction methods those are available. The purpose of this research was to characterizedthe method and product of DNA extraction based on DNA purity, DNA visualization, DNA concentration, and processing time of DNA extraction methods. Extraction methods evaluated included phenol-chloroform method (Method A)as liquid phase extraction and Surefood Extraction kit method (Method B) as solid phase extraction. Result showed that Method A could be performed on samples with very low DNA concentrations ranging from 7.00 to 9.45 ng/µl with a good purity (1.80 to 2.10). Although, it showed no DNA isolates bands on gel agarose 1% and need ± 30 hours processing time. Method B had a good performa in extracting sample with high concentration DNA (49.67 to 357.28 ng/µl) with a good purity (1.93 to 2.07). This method showed bands for each DNA samples on gel agarose 1% and need about ± 1 hour processing time. Both methods can be used for sample preparation in molecular analysis including halal authentication purposes.
References
Shiaw C S E, Shiran M S, Path M, Cheah Y K, Tan G C, Path M, Sabariah A R, Path M 2010 2010 Med. J. Malaysia65 137
Sambrook J, Fritsch F, Miniatis T 1989 Molecular Cloning Laboratory Manual. 3rd Edition. (New York : Cold Spring Harbor Laboratory Press)
Muladno 2010 Teknologi Rekayasa Genetika. (Bogor : IPB Press)
Irmawati 2003 Perubahan Keragaman Genetik Ikan Kerapu Tikus Generasi Pertama Pada Stok Hatchery [Thesis] (Bogor: InstitutPertanian Bogor)
Komalasari K 2009 Pengaruh perbandingan volume darah dan lisis buffer serta kecepatan sentrifugasi terhadap kualitas produk DNA pada sapi Frensian Holstein (FH) [Undergraduate Thesis] (Bogor: Institut Pertanian Bogor)
Sambrook J and Russell D W 2001 Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd Edition (New York : Cold Spring Harbor Laboratory Press)
Birnboim H C, Doly J A 1979 Rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA. Nucleic Acids Res7:1513–23
Switzer 1999 Experimental Biochemistry (Oxford : Blackwell Scientific Pub)
Corkill G, Rapley R 2008 The Manipulation of Nucleic Acids: Basic Tools &Techiques in Molecular Biomethods Handbook Second Edition. Ed: Walker J M, Rapley R (NJ : Humana Press)
Ebeling W, Hennrich N, Klockow M, Metz H, Orth H D, Lang H 1974 Proteinase K from Tritiracium album Limber. Eur J Biochem47:91–7
Zhang R, Gong H, Zeng X, Lou C, Sze C C 2013 A microfluidic liquid phase nucleic acid purification chip to selectively isolate DNA or RNA from low copy/single bacterial cells in minute sample volume followed by direct on-chip quantitative PCR assay. Anal Chem85:1484 –91
Clark D P 2010 Molecular Biology: Updated Edition (AP Cell Press)
Eickbush T H and Moudrianakis E N 1978 The compaction of DNA helices into either continuous supercoils or folded-fiberrods and toroids. Cell 13:295–306
Sunarno, Muna F, Fitri N, Malik A, Karuniawati A, Soebandrio A 2014 Metode Cepat ekstraksi DNA Coryne bacterium diphteriae untuk pemeriksaan PCR. PenelitiKesehat. 42(2):85-92
Vogelstein B and Gillespie D 1979 Preparative and analytical purification of DNA from agarose. ProcNatlAcadSci76:615–9
Boom R, Sol C J, Salimans M M, Jansen C L, WertheimvanDillen P M, van der Noordaa J 1990 Rapid and simple method for purification of nucleic acids. J ClinMicrobiol 28:495–503.
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
-
Pengguna diperbolehkan untuk membaca, mengunduh, menyalin, mendistribusikan, mencetak, mencari, atau menautkan ke artikel teks lengkap dalam jurnal ini tanpa meminta izin terlebih dahulu dari penerbit atau penulis.
Jurnal ini dilisensikan di bawah Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License, yang mengizinkan untuk membagikan, menyalin, dan mendistribusikan ulang materi dalam media atau format apa pun selama Anda memberikan kredit yang sesuai kepada penulis asli dan sumbernya, berikan tautan ke lisensi Creative Commons. Jika Anda me-remix, mengubah, atau membangun materi, Anda harus mendistribusikan kontribusi Anda di bawah lisensi yang sama seperti aslinya. Pemberi lisensi tidak dapat mencabut kebebasan ini selama Anda mengikuti persyaratan lisensi. Untuk melihat salinan lisensi ini, kunjungi tautan permanen ini.
Penulis yang menerbitkan jurnal ini menyetujui persyaratan berikut:
1. Penulis mempertahankan hak cipta dan memberikan jurnal hak publikasi pertama dengan karya yang dilisensikan secara bersamaan di bawah Lisensi Internasional Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 yang memungkinkan orang lain untuk berbagi karya dengan pengakuan kepenulisan karya dan publikasi awal di jurnal ini.
2. Penulis dapat membuat pengaturan kontrak tambahan yang terpisah untuk distribusi non-eksklusif dari versi jurnal yang diterbitkan dari karya tersebut (misalnya, mempostingnya ke repositori institusional atau menerbitkannya dalam sebuah buku), dengan pengakuan awal publikasi di jurnal ini.
3. Penulis diizinkan dan didorong untuk memposting karya mereka secara online (misalnya, di repositori institusional atau di situs web mereka) sebelum dan selama proses pengiriman, karena dapat menghasilkan pertukaran yang produktif, serta kutipan lebih awal dan lebih besar dari karya yang diterbitkan ( Lihat Pengaruh Akses Terbuka).Anda bebas untuk:
Bagikan — menyalin dan mendistribusikan ulang materi dalam media atau format apa pun.
Beradaptasi — me-remix, mengubah, dan membangun materi untuk tujuan apa pun, bahkan secara komersial.Pemberi lisensi tidak dapat mencabut kebebasan ini selama Anda mengikuti persyaratan lisensi.
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
